Sudah setahun lebih pandemi covid-19 mengiringi aktifitas kita sehari-hari, dunia pendidikan pun dibuat kelabakan untuk mengatur agar KBM tetap bisa dilaksanakan.
Dalam perjalanannya pada akhir tahun pelajaran 2019/2020 dan pada tahun pelajaran 2020/2021 Madrasah Fattah Hasyim mengalami beberapa kali perubahan kurikulum dan kegiatan belajar mengajar.
Mulai dari pengajian online via streaming youtube dan siswa belajar dari rumah, dilanjutkan dengan pembelajaran daring full online menggunakan LMS Moodle dimana semua buku/kitab siswa dikirim ke rumah-rumah siswa se-indonesia via jasa pengiriman paket dan siswa berinteraksi dengan guru melalui website.
Pada pertengahan semester 1 tapel 2020/2021, sebagian siswa sudah kembali ke pondok dan KBM menyesuaikan bagi siswa yang berada dipondok-pondok, dimana para guru dikirim untuk mengajar secara tatap muka di dalam pondok, dan siswa yang masih di rumah tetap melaksanakan KBM melalui daring.
Setelah pelaksanaan PAS tapel 2020/2021, madrasah melakukan evaluasi hasil dari KBM secara daring dan akhirnya memutuskan untuk merombak struktur kurikulum normal menjadi kurikulum khusus (pandemi) dan diberlakukan bertahap mulai semester 2 tapel 2020/2021.
Dalam kurikulum khusus ini, siswa belajar di madrasah selama 2 jam (2 x 60 menit) dan materi pelajaran di sederhanakan agar bisa tuntas dalam kurun waktu 3 tahun tingkat MTs dan 3 tahun tingkat MA.
Untuk mengawal berjalannya kurikulum khusus ini, pengaturan shif, pembatasan jumlah siswa / rombel, pengelompokan domisili siswa serta protokol kesehatan yang ketat diterapkan pada madrasah.
Dalam rapat pimpinan tanggal 28 juni 2021, kepala madrasah memutuskan untuk menggunakan kurikulum khusus pada tahun pelajaran 2021/2022.